Suite à la victoire contre Fu Leng, les Clans reconstruisent l'Empire qui a été totalement dévasté par la Guerre des Clans. Toturi s'avère être un bon Empereur, prend pour épouse Isawa Kaede et les Clans ne se font plus la guerre, malgré les frictions nées de l'émergeance de la Mante et la quasi-éradication du Phénix.
Cinq ans après la défaite de Fu Leng, lors de l'anniversaire de la victoire de Toturi, le nouvel empereur est introuvable. Sa garde personnelle a été massacrée et sa chambre est couverte de sang. Kakita Toshimoko, le champion d'émeraude en titre, et Kitsuki Yasu, grand magistrat reconnu, commencent à peine leur enquête que déjà les soupçons se portent vers le Clan du Scorpion. Finalement, Kitsuki Yasu trouve une preuve matérielle (et sans valeur pour la justice rokugani) dans la chambre impériale : une épingle à cheveux appartenant à Dame Kachiko... La situation s'envenime rapidement et les Scorpions sont accusés de meurtre, bien que ceux-ci disent être innocents. Mais le coup d'état du Scorpion est encore dans les souvenirs de la cour, et la loyauté du Scorpion vis-à-vis du nouvel empereur est encore à démontrer.
La cour demande donc l'exécution des "traîtres" mais le Champion d'Emeraude s'y oppose. En effet, il pense qu'après tout, si les Scorpions sont véritablement coupables, ils sont les seuls à savoir ce qui est arrivé à Toturi. Il condamne donc le Clan du Scorpion à l'exil par delà les montagnes, dans les Terres Brûlées. Si jamais ils décidaient de revenir, leurs enfants, sous bonne garde du Clan de la Grue, seront exécutés. Matsu Gohei, le boucher de la Guerre des Clans, les accompagnera jusqu'au désert qui sera leur nouvelle demeure afin de s'assurer qu'ils ne reviendront pas. Kakita Toshimoko sauve ainsi le Clan de l'extinction, mais il ne peut rien faire de plus. A la fin de la journée, on trouvera son armure au bord d'une falaise, accompagné d'un haïku écrit de sa main. On suppose que Toshimoko s'est suicidé et on songe déjà à organiser un tournoi pour lui désigner un successeur.
Avec la nouvelle de la disparition de l'empereur, Rokugan retombe dans le chaos.
Les Lions reprennent leur guerre contre les Grues.
L'Alliance de Yoritomo fait valoir son droit sur les terres Scorpion en vertu de leur charte.
Les Licornes, maintenant magistrats impériaux, se querellent avec les Lions pour savoir qui est la véritable "main droite" de l'empereur.
Et pendant ce temps, l'Armée de Toturi se met en branle pour retrouver son empereur bien aimé.
Dans cette tourmente, seuls le Dragon et le Phénix restent silencieux.
Ignorant les événements actuels, le Clan du Crabe continue son combat ancestral contre l'Outremonde. Le Crabe va de succès en succès, et un mariage bien venu (mais peu conventionnel) entre Hida O-Ushi et Shinjo Yasamura lui apporte en plus l'aide de la Licorne.
Loin dans l'Outremonde, la guerre fait aussi rage, mais ce n'est pas celle que l'on croit. Avec la mort de Fu Leng, les différents seigneurs oni se battent pour obtenir la suprématie. Akuma s'est imposé sans peine mais Kuni Yori, à la tête d'une armée mort-vivante, conteste sa mainmise sur l'Outremonde et lors d'une contre-attaque d'une armée de mort-vivants dirigée par Yori en personne il acculera une armée du Crabe commandée par Hida Yakamo dans les ruines du chateau Hiruma. Le siège durera quelques jours avant qu'Hida Yakamo soit éxécuté par Kuni Yori et la Main de Jade détruite.
