La maladie ravage l'empire et même l'empereur n'y échappe pas. Seul sa femme, Bayushi Kachiko, reste avec lui dans le palais pour soulager ses souffrances. Une rumeur commence alors à circuler parmi les Clans : l'empereur est mourrant et il cherche un héritier parmi les Six Clans majeurs. Sans Champion d'émeraude pour faire régner la loi, les Clans partent à la guerre pour s'imposer comme successeurs au trône.
Kachiko, fidèle à l'objectif de son défunt mari, réussit à persuader Hida Kisada qu'il deviendra le futur empereur, chacun pensant manipuler l'autre. Le Crabe fait alors un pacte avec les forces de l'Outremonde, en croyant que le Crabe pourra les éliminer de Rokugan une fois arrivé au pouvoir.
La première partie de la Guerre des Clans est marquée par un important conflit qui sera à l'origine de nombreuses batailles futures.
Le Crabe, traversant le col de Beiden, attaque les territoires Grues. Le Lion le rejoint rapidement et la Grue ne doit son salut qu'à l'aide conférée par les Clans du Dragon, de la Licorne et du Phénix. Les Crabes se retirent rapidement vers le col de Beiden, poursuivis par les Dragons et les Licornes.
Togashi Yokuni offre alors le commandement de son armée à Toturi le Noir mais personne ne réussit à prendre le contrôle du col. C'est au cours de ces affrontements que Hida Yakamo, fils de Kisada, perd sa main face à Mirumoto Hitomi avant d'être lié à un oni afin de se venger sous les conseils de Kuni Yori, shugenja corrompu par Fu Lang.
Pendant son absence, Hida Sukune perd bataille sur bataille et est obligé de rendre des comptes à Hida Kisada qui le sacrifie sur la bannière de l'Outremonde.
Finalement, Toturi l'emporte face à Yakamo et poursuit l'armée Crabe. Quant à Mirumoto Hitomi, Yakamo lui broie la main et brise son épée.
Toturi se trouve malheureusement isolé car les Licornes contrôlent désormais le col et refusent de le laisser passer, les Crabes sont au sud et les Lions ont préparé une embuscade au seul passage possible pour revenir dans les terres Dragon.
Mais un terrible événement vient d'être détecté par les Maîtres des Eléments du Clan du Phénix : les Parchemins noirs s'ouvrent les uns après les autres...
La Guerre des Clans prend une nouvelle tournure. Avec l'ouverture des parchemins noirs, Fu Leng est peu à peu libéré et parvient à s'incarner dans le corps de l'empereur.
Yogo Junzo a rassemblé une énorme armée de créatures de l'Outremonde et part à la recherche des derniers Parchemins noirs avant de piller les temples pour retrouver le descendant caché de Shinsei, seule personne capable de stopper Fu Leng comme le fit son ancêtre.
Le Clan de la Grue est quasiment exterminé, poursuivit par les Lions. Un an après le début de la guerre, seuls les temples de la famille Asahina ne sont pas tombés. La Grue a du recruter une armée de mercenaire du Clan de la Mante pour remplacer ses propres hommes tombés au combat.
Le Clan du Phénix, possédant trois des douze Parchemins noirs, est peu à peu corrompu par l'étude de ces textes souillés.
Kisada, avec l'aide de Kachiko, organise une attaque surprise de la capitale par un grand débarquement. Matsu Tsuko, la générale en chef des troupes impériales, reçoit l'ordre de l'empereur de ne pas intervenir. Les Crabes et leurs alliés de l'Outremonde massacrent les Lions et Kisada pénètre dans la salle du trône. Fu Leng se révèle à Kisada avant de l'achever avec l'épée des Hantei.
Yakamo quitte la capitale avec le corps de Kisada, suivi par les Crabes encore fidèles. Les Crabes souillés et leurs alliés de l'Outremonde prennent possession de la capitale. Une fois en sécurité, Yakamo coupe la pince qui le lie à l'oni qui porte son nom et la remplace par la Main de Jade, un vieil artéfact conservé par la famille Kuni. Yakamo devient le nouveau daimyo du Crabe et annonce la purge du Clan de la souillure de l'Outremonde et la chasse contre Kuni Yori.
A la nouvelle du retour de Fu Leng, les Clans se séparent en deux factions : ceux qui veulent conquérir le trône et ceux qui veulent combattre Fu Leng.
Toturi rallie sa propre armée et part à la poursuite de Yogo Junzo.
Les mercenaires de la Mante exterminent les dernières créatures de l'Outremonde et la bataille est gagnée par les Grues.
Yoritomo, daimyo du Clan de la Mante, avec l'aide de sa nouvelle armée, poursuit la lutte contre les hordes de l'Outremonde, tout comme les Licornes qui refoulent les raids des Moto morts-vivants.
Les Lions sont divisés entre leur devoir de protéger l'empereur et leur volonté de sauver l'empire. Matsu Tsuko décide alors de faire l'ultime sacrifice en allant voir Toturi et en se faisant seppuku. Suite à ce geste, une partie des Lions rejoint Toturi alors que les autres protègent aveuglément la capitale.
Finalement, le descendant de Shinsei se fait connaître aux Clans et demande à rassembler les Sept Tonnerres parmi les plus grands guerriers de chaque clan. Le second Jour des Tonnerres approche !
